Nhiều bản phân phối Linux cung cấp một hệ thống cài đặt tương tự như các hệ điều hành hiện đại khác. Mặt khác, một số phân phối, bao gồm Gentoo Linux, chỉ cung cấp những chương trình của một hạt nhân cơ bản, các công cụ biên dịch, và một trình cài đặt; trình cài đặt biên dịch tất cả các phần mềm yêu cầu cho kiến trúc cụ thể của máy tính của người dùng, sử dụng những công cụ và mã nguồn được cung cấp.

Quản lý gói

Phân phối thường được chia nhỏ thành các gói (packages). Mỗi gói bao gồm một ứng dụng hoặc dịch vụ cụ thể. Ví dụ về các gói này là một thư viện để xử lý các định dạng hình ảnh PNG, một tập hợp các phông chữ hoặc một trình duyệt web.

Các gói phần mềm thường được cung cấp như là mã biên dịch, với cài đặt và gỡ bỏ gói xử lý bởi một hệ thống quản lý gói (PMS) chứ không phải là một trình lưu trữ tập tin đơn giản. Mỗi gói dành cho một PMS như thế có chứa meta-thông tin như mô tả gói, phiên bản, và "các gói phụ thuộc". Các hệ thống quản lý gói có thể đánh giá siêu thông tin này để cho phép tìm kiếm gói,để thực hiện một nâng cấp tự động lên phiên bản mới, để kiểm tra xem tất cả các phụ thuộc của một gói được đáp ứng, và / hoặc thực hiện một cách tự động.

Mặc dù các bản phân phối Linux thường chứa nhiều phần mềm hơn so với hệ điều hành độc quyền, nó là bình thường vì các quản trị viên địa phương cũng cài đặt các phần mềm không có trong phân phối. Một ví dụ có thể có một phiên bản mới hơn của một phần mềm ứng dụng so với bản được cung cấp trong bản phân phối, hay một sự thay thế cho sự lựa chọn của bản phân phối(ví dụ, KDE Plasma Workspaces thay cho GNOME hoặc ngược lại với giao diện người dùng). Nếu các phần mềm bổ sung chỉ được phân phối dưới dạng mã nguồn, phương pháp này đòi hỏi phải biên soạn cục bộ. Tuy nhiên, nếu phần mềm được bổ sung cục bộ, phần mềm có thể bị loại ra khỏi quá trình đồng bộ cơ sở dữ liệu cập nhật của trình quản lý gói tin. Nếu vậy, các quản trị viên cục bộ sẽ được yêu cầu để có biện pháp bổ sung nhằm đảm bảo toàn bộ hệ thống được cập nhật. Trình quản lý gói có thể tự động chạy.

Hầu hết các bản phân phối cài đặt các gói, bao gồm nhân và các thành phần lõi khác của hệ điều hành theo một cấu hình định trước. Hiện nay rất ít cho phép yêu cầu hay thậm chí là cho phép thay đổi cấu hình trong quá trình cài đặt. Điều này làm cho cài đặt ít khó khăn, đặc biệt đối với người dùng mới, nhưng không phải lúc nào cũng chấp nhận được.Với các yêu cầu đặc biệt, nhiều phần mềm cần được cấu hình cẩn thận để dễ sử dụng, làm việc một cách chính xác với các phần mềm khác, hoặc để được an toàn, và các quản trị viên địa phương thường phải dành nhiều thời gian xem xét và cấu hình lại các loại phần mềm.

Một vài bản phân phối có những bước tiến đáng kể  trong thiết lập và tùy chỉnh phần lớn hoặc tất cả các phần mềm của phân phối đó. Không phải tất cả làm như vậy. Một số phân phối cung cấp các công cụ cấu hình để hỗ trợ trong quá trình này.

Bằng cách thay thế tất cả mọi thứ được cung cấp trong một phân phối, quản trị viên có thể đạt được một "phân phối nhỏ hơn": tất cả mọi thứ được lấy, biên soạn, cấu hình và cài đặt tại địa phương. Có thể xây dựng một hệ thống như vậy từ đầu, tránh phân phối hoàn toàn. đầu tiên cần một cách để tạo ra những chương trình đầu tiên cho đến khi hệ thống là tự lưu trữ. Điều này có thể được thực hiện thông qua biên dịch trên một hệ thống khác có khả năng xây dựng những chương trình cho mục tiêu dự định (có thể do biên dịch chéo). Ví dụ, Linux From Scratch.